تور باکوباکو میزبان بسیاری از دانشگاه ها ، آموزشکده ها و مدارس های فنی و حرفه ای است. دانشگاه ایالتی باکو ، اولین دانشگاه تأسیس شده در جمهوری آذربایجان در سال ۱۹۱۹ بود که توسط دولت جمهوری دموکراتیک آذربایجان افتتاح شد.

این شهر در اوایل دوره اتحاد جماهیر شوروی، آکادمی نفتی آذربایجان، دانشگاه علوم پزشکی آذربایجان و دانشگاه دولتی اقتصاد آذربایجان را در اختیار داشت.

  در دوره پس از جنگ جهانی دوم ، چند دانشگاه دیگر مانند دانشگاه فنی آذربایجان، دانشگاه زبان آذربایجان و دانشگاه معماری و ساخت و ساز آذربایجان تأسیس شد. پس از سال ۱۹۹۱ که آذربایجان استقلال خود را از اتحاد جماهیر شوروی بدست آورد، سقوط کمونیسم منجر به توسعه تعدادی از مؤسسات خصوصی از جمله دانشگاه قفقاز و دانشگاه خزر شد که در حال حاضر معتبرترین موسسات دانشگاهی محسوب می شوند. به غیر از دانشگاه های خصوصی، دولت آکادمی مدیریت عمومی، آکادمی دیپلماتیک آذربایجان و آکادمی های مختلف نظامی را تاسیس کرد. بزرگترین دانشگاه ها با توجه به جمعیت دانشجویی، دانشگاه ایالتی باکو و دانشگاه دولتی اقتصاد آذربایجان هستند. علاوه بر این، آکادمی موسیقی باکو و هنرستان ملی آذربایجان در باکو وجود دارد که در اوایل دهه ۱۹۲۰ تاسیس شده است.

مهدکودک ها و مدارس ابتدایی عمومی (سال های ۱ تا ۱۱) توسط بخش های محلی یا دفاتر شهری اداره می شوند.

آکادمی ملی علوم آذربایجان، به عنوان اصلی ترین سازمان تحقیقاتی دولتی در جمهوری آذربایجان نیز در باکو مستقر است. علاوه بر این، باکو دارای کتابخانه های بی شماری است که بسیاری از آنها حاوی مجموعه های گسترده ای از اسناد تاریخی از دوره های رومی، بیزانس، عثمانی و اتحاد جماهیر شوروی و همچنین سایر تمدن های گذشته هستند. مهمترین کتابخانه ها از نظر مجموعه های اسناد تاریخی عبارتند از: موزه نظری ادبیات آذربایجان، کتابخانه ملی آذربایجان، کتابخانه مرکزی میرزا الاکبار، کتابخانه صمد وورگون و کتابخانه ریاست جمهوری.